Les effets les plus visibles du changement climatique en Afrique sont la désertification, l'érosion côtière ainsi que la salinisation des nappes phréatiques.
Les bassins et les matériaux de remblayage risquent également de contaminer les eaux souterraines lorsque les bassins se trouvent au-dessus de nappes phréatiques.
Dans certaines régions du continent, la diminution des précipitations et l'abaissement du niveau des nappes phréatiques ont fortement accéléré l'avancée de la désertification.